Setelah setahun absen, Shinpachi Shimura balik lagi ke Edo, tapi langsung dibikin kaget setengah mati. Gintoki sama Kagura, partner Yorozuya-nya, berubah jadi orang yang sama sekali beda! Pas Shinpachi lari dari markas gara-gara bingung, dia malah nemuin kalau semua orang di Edo udah berubah total, baik tampang maupun sifat mereka.
Yang paling nggak masuk akal, kakaknya, Otae, ternyata udah nikah sama bos Shinsengumi yang hobi ngintip, Isao Kondou, dan sekarang lagi hamil anak pertama mereka. Karena bingung harus gimana, Shinpachi akhirnya mau diajak gabung ke Shinsengumi sesuai permintaan Otae dan Kondou, tapi di sana dia malah nemuin lebih banyak lagi perubahan aneh di dalam organisasinya.
Untungnya, dia sadar kalau wakil ketua Toushirou Hijikata nggak berubah sama sekali. Akhirnya, Shinpachi sama Hijikata kerja sama buat balikin Edo ke kondisi semula. Dengan bumbu lelucon dewasa, parodi nyeleneh, dan referensi yang nggak tahu malu, Gintama balik lagi ngikutin kekacauan konyol Yorozuya di tengah dunia Edo yang penuh sama alien.
Dunia Edo yang damai terusik oleh munculnya pedang terkutuk bernama Benizakura. Senjata mekanis haus darah ini mulai memakan korban di jalanan, memicu kekacauan besar yang mengancam ketertiban kota. Pertarungan epik pun tak terelakkan di tengah ancaman kegelapan.
Gintoki Sakata, sang samurai malas dengan masa lalu kelam, harus turun tangan saat pedang legendaris itu melukai rekannya. Jiwanya yang tajam kembali terasah demi melindungi apa yang penting, bahkan jika ia harus berhadapan dengan musuh dari masa lalunya.
Konflik memanas ketika Kotaro Katsura, kawan lama yang kini menjadi buronan, tiba-tiba menghilang misterius. Ketegangan meningkat karena Shinsuke Takasugi, sosok antagonis karismatik, mulai melancarkan rencana jahat untuk menghancurkan tatanan dunia saat ini.
Sementara itu, Shinpachi Shimura dan Kagura berjuang sekuat tenaga menyusup ke sarang musuh. Loyalitas mereka diuji dalam aksi yang penuh ketegangan, memperlihatkan betapa kuatnya ikatan pertemanan mereka meski nyawa menjadi taruhan di setiap sudut.
Pertemuan tragis tak terelakkan saat masa lalu dan masa kini beradu dalam api peperangan. Ambisi besar melawan prinsip hidup yang teguh menjadi inti drama ini, membuktikan bahwa seorang samurai sejati tak akan pernah mundur meski dunia mencoba meruntuhkan mereka.
