Dunia berubah total saat armada kapal perang misterius bernama Fleet of Fog muncul dan melumpuhkan umat manusia. Lautan kini dikuasai entitas super canggih yang menghancurkan setiap armada angkatan laut konvensional dengan senjata futuristik yang luar biasa.
Di tengah keputusasaan, Gunzo Chihaya secara tak terduga menemukan kapal selam kelas I-401 yang memiliki wujud manusia bernama Iona. Pertemuan ini menjadi harapan baru bagi manusia untuk melawan dominasi musuh yang sangat mengerikan tersebut.
Iona bukanlah kapal biasa karena ia menunjukkan emosi layaknya manusia asli. Hubungan unik antara Gunzo dan Iona perlahan berkembang, memaksa mereka menghadapi dilema moral dan identitas saat harus melawan rekan-rekan sesama kapal perang dari Fleet of Fog.
Konflik memuncak ketika Takao, salah satu kapal perang Fog, mulai jatuh hati pada Gunzo setelah dikalahkan. Perasaan ini menciptakan anomali dalam sistem mereka, memicu pertanyaan tentang apakah mesin bisa benar-benar merasakan kasih sayang sesungguhnya.
Pertarungan sengit di tengah samudra luas pun tak terelakkan. Mereka harus berjuang menentukan takdir umat manusia sambil mencari jawaban atas keberadaan Mental Models yang terus membayangi setiap langkah mereka dalam perang besar yang penuh misteri ini.
Dunia terbagi menjadi dua realitas yang saling terhubung secara misterius. Di satu sisi, kehidupan remaja sekolah yang penuh drama emosional, sementara di sisi lain, sebuah dimensi alternatif yang kelam dihuni oleh pejuang dengan senjata yang sangat mematikan.
Mato Kuroi adalah gadis ceria yang baru memulai tahun ajaran sekolah. Ia tertarik berteman dengan Yomi Takanashi, sosok pendiam dan penyendiri. Kedekatan mereka memicu dinamika emosi rumit yang ternyata berdampak langsung pada dunia paralel tersebut.
Di dimensi lain, sosok misterius bernama Black Rock Shooter bertarung tanpa henti melawan musuh yang memiliki kemiripan dengan orang-orang di dunia nyata. Setiap luka fisik yang diderita sang pejuang mencerminkan rasa sakit hati yang dirasakan di dunia asli.
Kagari Izuriha dan Yu Kotari terjebak dalam pusaran konflik emosional yang intens bersama teman-temannya. Ketidakstabilan psikologis mereka memicu manifes kekerasan di dunia fantasi, di mana senjata menjadi metafora dari trauma masa lalu yang tersimpan.
Apakah mereka mampu memisahkan realitas dari gejolak batin yang menghancurkan? Pertarungan sengit antara harapan dan keputusasaan terus berkecamuk, menuntut keberanian untuk menghadapi kenyataan pahit demi menjaga jalinan persahabatan yang hampir hancur lebur.
