Kousei Arima itu dulunya jago banget main piano sampai dijuluki 'Metronom Manusia' karena saking presisi dan sempurnanya. Gara-gara didikan keras ibunya yang disiplin abis, Kousei selalu menang di setiap kompetisi sampai bikin semua orang kagum sama bakatnya.
Tapi semuanya berubah pas ibunya meninggal dunia. Kousei jadi trauma berat sampai dia nggak bisa lagi dengar suara piano, yang akhirnya bikin dia berhenti total dari dunia musik. Sekarang, dia cuma jadi anak SMP biasa yang hidup tenang bareng dua sahabatnya, Tsubaki dan Ryouta, sambil berusaha buat berdamai sama masa lalunya.
Hidupnya yang tadinya hambar mendadak jadi ramai lagi pas dia ketemu Kaori Miyazono, pemain biola yang nyentrik. Kaori maksa Kousei buat balik lagi ke panggung sebagai pengiringnya. Lewat sebuah kebohongan kecil, hubungan mereka makin dekat dan Kaori pelan-pelan mulai mewarnai lagi dunia Kousei yang sempat kelabu.
Dunia modern menyimpan rahasia kelam di balik bayang-bayang, di mana para dewa kecil berjuang demi eksistensi. Mereka hanyalah entitas yang terlupakan, berusaha keras mengabulkan permohonan manusia hanya agar tetap diingat dan terus bertahan hidup di dunia fana.
Yato adalah dewa pengangguran yang tidak memiliki kuil sendiri. Ia menawarkan jasanya untuk menyelesaikan masalah sepele manusia dengan bayaran receh, berharap suatu hari nanti ia bisa menjadi dewa agung yang dihormati dan dipuja oleh jutaan orang.
Hidupnya berubah drastis saat ia menyelamatkan seorang gadis SMA bernama Hiyori Iki dari kecelakaan maut. Kejadian ini membuat jiwa Hiyori sering terlepas dari tubuhnya, memaksanya terikat dengan dunia spiritual yang berbahaya bersama sang dewa ceroboh.
Tak lama kemudian, Yato mendapatkan senjata suci baru bernama Yukine, seorang remaja arwah yang penuh kebencian. Hubungan mereka yang rumit menguji kesabaran satu sama lain, karena perilaku Yukine yang memberontak justru menyakiti kondisi fisik sang dewa.
Ketiganya kini harus menghadapi ancaman roh jahat yang menggerogoti manusia dari dalam. Di tengah konflik identitas dan masa lalu yang kelam, mereka belajar bahwa ikatan tulus adalah kunci untuk melawan takdir tragis yang mengintai di balik setiap doa.
