Dunia kedokteran yang korup dan penuh misteri menjadi panggung utama bagi seorang pria yang beroperasi di balik bayang-bayang. Meski tidak memiliki lisensi medis resmi, keahlian bedah miliknya melampaui batas logika manusia biasa di seluruh pelosok dunia.
Sosok misterius bernama Black Jack adalah seorang jenius yang sering menagih bayaran selangit demi menyelamatkan nyawa. Ia terbiasa bertaruh dengan maut, namun tindakannya sering disalahpahami sebagai keserakahan oleh banyak pihak yang membencinya.
Di sisinya selalu ada Pinoko, gadis kecil yang cerdas namun unik, yang setia mendampingi setiap langkah sang dokter. Hubungan mereka yang seperti keluarga memberikan sisi emosional yang hangat di tengah dinginnya meja operasi dan pisau bedah tajam.
Konflik batin terus menghantui sang dokter saat berhadapan dengan pasien yang tidak berdaya melawan sistem. Ia harus bergulat dengan moralitas, hukum, dan musuh bebuyutan seperti Dr. Kiriko, yang memiliki pandangan berbeda tentang makna sebuah kematian.
Apakah dia seorang malaikat penolong atau penjahat berdarah dingin? Melalui setiap prosedur medis yang berbahaya, ia membuktikan bahwa kebenaran sejati tidak selalu tertulis di atas kertas sertifikat, melainkan pada kemauan untuk terus menyelamatkan nyawa.
