Satu tahun pasca perang besar berakhir, kedamaian Bumi dan koloni angkasa mulai terusik oleh ancaman teror baru. Ketegangan politik yang belum reda memicu munculnya kelompok pemberontak misterius yang berniat mengacaukan tatanan dunia demi agenda pribadi mereka.
Lima pilot muda, termasuk Heero Yuy yang dingin, kini harus menghadapi dilema berat tentang masa depan senjata yang mereka kendalikan. Mereka terjebak dalam pusaran konflik moral saat masa lalu para pilot mulai terungkap dengan cara yang sangat tragis.
Duo Maxwell berusaha menahan diri agar tidak kembali berperang, namun situasi memaksa mereka kembali ke kokpit. Di sisi lain, Trowa Barton menghadapi keraguan mendalam akan identitasnya sendiri yang selama ini diselimuti oleh kabut rahasia kelam.
Sementara itu, Quatre Raberba Winner dan Chang Wufei terpaksa memilih jalan yang berbeda untuk menghentikan kehancuran total. Persahabatan mereka diuji saat musuh lama memanfaatkan ingatan masa kecil yang menyakitkan untuk mengguncang keyakinan teguh mereka.
Puncak konspirasi melibatkan sisa-sisa organisasi OZ yang ingin menghapus jejak sejarah melalui serangan destruktif. Pertempuran sengit ini menuntut mereka untuk mendefinisikan arti keadilan sejati serta mengakhiri siklus perang tanpa henti demi harapan generasi mendatang.
