Jepang bersiap menyambut perhelatan olahraga WSG di Tokyo. Saat kereta cepat vakum pertama di dunia diluncurkan, serangkaian penculikan misterius menargetkan para petinggi perusahaan ternama. Ketegangan memuncak di tengah gemerlapnya teknologi masa depan.
Detektif cilik Conan Edogawa mencium aroma bahaya yang familier. Ia menyadari insiden ini memiliki pola serupa dengan kasus kejahatan yang terjadi lima belas tahun lalu di Boston. Teka-teki ini memaksa dirinya untuk mengungkap konspirasi gelap.
Sang penembak jitu legendaris Shuichi Akai kembali beraksi dari bayang-bayang. Meski mereka berada di sisi hukum yang sama, pendekatan mereka yang kontras menciptakan gesekan emosional yang intens saat mengejar jejak musuh yang sangat licin.
Di sisi lain, Masumi Sera yang ahli bela diri turut terjun dalam penyelidikan. Kehadirannya menambah kerumitan hubungan antara detektif dan keluarga Akai, sementara Mary Sera terus memantau situasi dengan kewaspadaan yang sangat tinggi.
Kini, mereka harus berpacu dengan waktu sebelum kereta super cepat tersebut berubah menjadi neraka berjalan. Di tengah kepanikan, kebenaran tentang siapa dalang di balik teror ini perlahan tersingkap, menguji kerja sama tim yang dipenuhi rahasia besar.
Dunia pasca-apokaliptik kini menjadi reruntuhan yang sunyi setelah peristiwa besar terjadi. Di tengah kehancuran ini, para penyintas berusaha bertahan hidup sambil dibayangi oleh sisa-sisa teknologi misterius yang pernah mengubah wajah bumi secara permanen selamanya.
Shinji Ikari masih terjebak dalam trauma mendalam dan keputusasaan yang melumpuhkan jiwanya. Ia terus dihantui oleh kenangan pahit atas tanggung jawab besar yang dipikulnya sebagai pilot, sementara lingkungan sekitarnya terus menuntut tindakan nyata.
Hubungan kompleks antara Asuka Langley Shikinami dan Rei Ayanami mencapai titik didih baru. Mereka berjuang menghadapi identitas diri yang kian kabur, terperangkap dalam siklus perang tak berujung melawan musuh yang sulit sekali untuk ditaklukkan.
Gendo Ikari tetap teguh menjalankan rencana rahasia yang mengancam realitas umat manusia. Sosok ayah yang dingin ini menjadi antagonis utama bagi anaknya, memicu konflik psikologis rumit yang menguji batas kewarasan dan ikatan darah di antara mereka.
Pertarungan epik pun tak terelakkan saat seluruh misteri masa lalu mulai tersingkap di depan mata. Para pilot harus membuat pilihan sulit guna menentukan takdir dunia, membawa pesan mendalam tentang harapan, penerimaan diri, serta pemulihan luka batin.
