Zaman Sengoku yang kacau menyelimuti Jepang dengan ketidakpastian. Di tengah hiruk-pikuk perang, seorang anak yatim piatu bernama Kotaro harus melarikan diri dari kejaran prajurit misterius yang memiliki agenda tersembunyi demi sebuah ritual kuno.
Pelarian itu membawa bocah tersebut bertemu dengan Nanashi, seorang ronin pengembara yang dihantui masa lalu kelam. Meskipun awalnya enggan terlibat, sang pendekar pedang akhirnya setuju melindungi anak itu demi imbalan perak yang dijanjikan.
Keduanya pun menjalin hubungan tak terduga di tengah perjalanan berbahaya. Sang ronin harus menghadapi trauma pribadinya serta janji untuk tidak lagi menghunus pedang, sembari menjaga bocah keras kepala tersebut dari para pengejar yang sangat haus darah.
Konflik memuncak saat sekelompok pendekar elit dari Tiongkok, yang dipimpin oleh sosok ambisius bernama Rarou, terus memburu mereka. Pertempuran fisik dan batin pun tak terelakkan, memaksa sang ronin untuk menentukan jati diri dan tujuan hidupnya.
Apakah naluri bertahan hidup sang prajurit mampu melampaui sumpah yang pernah ia buat? Di tengah kepulan debu dan dentingan besi, sebuah takdir baru terjalin erat, menantang nyawa dalam pertarungan hidup mati yang akan menguji batas moral manusia.
Dunia pasca-apokaliptik bernama Tokyo-3 kini berada di ambang kepunahan total. Makhluk raksasa misterius yang disebut Angel terus menghujani bumi dengan serangan mematikan, memaksa umat manusia berlindung di balik benteng pertahanan terakhir yang berteknologi tinggi.
Seorang remaja penyendiri bernama Shinji Ikari dipanggil secara mendadak ke markas NERV oleh ayahnya yang dingin. Ia diberi beban berat untuk mengemudikan robot raksasa EVA-01 demi menghadapi ancaman Angel yang tak henti-hentinya meneror sisa umat manusia.
Di sana, ia bertemu dengan Rei Ayanami, pilot misterius yang penuh rahasia dan sangat setia pada perintah. Interaksi mereka yang kaku memicu gejolak emosional bagi Shinji yang terus berjuang memahami arti keberadaannya serta alasan mengapa dirinya harus terus bertarung.
Hubungan dengan sang ayah, Gendo Ikari, justru menambah beban psikologis bagi Shinji. Sang komandan operasional, Misato Katsuragi, berusaha menjadi sosok pelindung dan mentor bagi Shinji, namun trauma masa lalu sang bocah tetap menghantui tiap misinya.
Ketegangan memuncak saat serangan musuh semakin brutal, memaksa para pilot untuk menguji batas mental serta fisik mereka. Di balik pertempuran sengit melawan monster, tema kesepian dan pencarian jati diri menjadi inti kisah yang akan mengubah nasib dunia selamanya.
