Dunia sibernetik yang kelam kembali bergejolak saat serangkaian pembunuhan sadis melibatkan boneka android canggih. Misteri ini memicu penyelidikan intensif dalam genre fiksi ilmiah psikologis yang mempertanyakan esensi keberadaan jiwa di era mesin canggih.
Detektif tangguh Batou terjebak dalam pusaran kasus penuh teka-teki setelah rekannya menghilang. Ia harus menelusuri batas tipis antara kenyataan dan simulasi digital, berhadapan dengan bahaya yang mengancam sisa kewarasan serta kemanusiaannya sendiri.
Ditemani rekan barunya, Togusa, ia berusaha mengungkap konspirasi besar yang tersembunyi di balik produksi robot pendamping. Hubungan keduanya yang kontras, antara skeptisisme mekanis dan idealisme manusia, menjadi jangkar emosional dalam penyelidikan ini.
Bayang-bayang masa lalu sang legenda Motoko Kusanagi terus menghantui setiap langkah mereka. Kerinduan mendalam akan kehadiran sosoknya memicu konflik batin bagi Batou, menjadikannya kunci utama untuk memahami misteri di balik insiden boneka yang berdarah itu.
Ketegangan memuncak saat mereka menyadari bahwa musuh bukanlah sekadar kode program, melainkan refleksi dari kehampaan manusia. Eksistensi artificial intelligence yang mulai mencari jati diri menjadi ancaman nyata yang mengguncang tatanan kehidupan masa depan.