Pubertas sering kali dianggap sebagai masa yang penuh gejolak emosi. Namun, bagi sebagian remaja, masa ini menghadirkan fenomena aneh yang disebut Sindrom Pubertas. Keanehan supranatural ini mampu memanifestasikan ketakutan dan keinginan mereka menjadi nyata.
Sakuta Azusagawa adalah remaja penyendiri yang sempat mengalami trauma masa lalu. Hidupnya yang tenang tiba-tiba berubah saat ia melihat seorang gadis cantik mengenakan kostum kelinci mencolok berjalan sendirian di tengah perpustakaan sekolah yang sepi.
Gadis itu adalah Mai Sakurajima, seorang aktris ternama yang sedang hiatus. Ternyata, ia terkena Sindrom Pubertas yang membuatnya perlahan menghilang dari ingatan orang-orang sekitar. Hanya Sakuta yang bisa melihat sosoknya di tengah keputusasaan sang gadis.
Keduanya pun terjebak dalam hubungan unik yang penuh misteri. Sembari berusaha menyelamatkan eksistensi Mai dari kelupaan dunia, mereka harus menghadapi berbagai korban sindrom lain yang terjebak dalam dilema batin mendalam akibat tekanan hidup remaja.
Dapatkah mereka mengurai benang kusut di balik fenomena psikis yang menghantui ini? Di balik dialog yang tajam dan situasi absurd, tersimpan perjuangan menyentuh tentang pencarian jati diri, pengakuan eksistensi, dan cara menghadapi trauma di masa muda.
Kenalin sang tokoh utama kita, seorang cowok super ansos dan pencinta buku yang hidupnya bener-bener datar nan membosankan. Dia gak punya ketertarikan sama sekali buat berinteraksi sama orang lain, dan dia juga yakin banget kalau kagak bakal ada satu orang pun di dunia ini yang peduli sama dia. Tapi, hidup garingnya itu mendadak berubah total pas dia gak sengaja nemu sebuah buku catatan harian tulisan tangan berjudul "Living with Dying" (Hidup Bersama Kematian) yang tergeletak di rumah sakit.
Ternyata, buku itu adalah diari rahasia milik Sakura Yamauchi, cewek paling populer dan ceria di kelasnya. Sakura pun akhirnya blak-blakan ngaku ke si cowok kalau dia lagi mengidap penyakit pankreas parah dan umurnya udah gak lama lagi. Rahasia vonis mati ini bener-bener dijaga ketat, sampai-sampai sahabat deket Sakura pun gak ada yang tahu selain keluarganya sendiri. Anehnya, pas denger berita se-sedih itu, si cowok ansos ini malah masang tampang lempeng dan gak nunjukin rasa simpati sedikit pun.
Meskipun direspon dingin, Sakura yang dasarnya emang berkepribadian ajaib dan kelewat ceria malah makin gencar buat nempel dan ngajakin si cowok jalan-jalan. Mau gak mau, si cowok akhirnya pasrah dan setuju buat nemenin hari-hari terakhir Sakura di dunia. Dari setiap keputusan random yang mereka ambil tiap harinya, sirkel pertemanan dua kutub yang bertolak belakang ini pelan-pelan makin kuat. Sifat Sakura yang gak bisa ditebak sukses ngacak-ngacak hidup datar si cowok, sekaligus pelan-pelan ngebuka hatinya buat memahami apa arti sesungguhnya dari kata "hidup". Siap-siap banjir air mata!