Aksi gila penuh gaya berlatar di Akademi Honnouji yang dikuasai diktator. Di sekolah ini, strata sosial ditentukan oleh seragam khusus yang memberikan kekuatan super bagi pemakainya. Dunia distopia ini penuh dengan pertempuran intens dan komedi absurd yang ikonik.
Gadis pengembara bernama Ryuko Matoi datang mencari pembunuh ayahnya dengan membawa senjata gunting raksasa. Ia menantang setiap ketua klub di sekolah itu demi mendapatkan jawaban. Tekadnya yang membara membuat atmosfer sekolah berubah menjadi medan laga.
Ia harus berhadapan dengan ketua OSIS yang angkuh, Satsuki Kiryuin, yang memegang kendali penuh atas akademi. Keduanya terlibat rivalitas panas yang saling membenci, namun sebenarnya saling terikat oleh rahasia gelap yang selama ini mereka cari kebenarannya.
Ryuko dibantu oleh Senketsu, seragam pelaut hidup yang haus darah. Hubungan mereka cukup unik, di mana mereka harus bekerja sama dalam pertempuran untuk bertahan hidup. Sinergi ini menjadi kunci utama bagi Ryuko untuk menandingi kekuatan militer Satsuki.
Konspirasi besar mulai terungkap saat kebenaran tentang pakaian berserat kehidupan mulai menyelimuti dunia. Ambisi mereka akan berbenturan dalam skala epik, memicu revolusi yang bakal meruntuhkan tatanan sekolah demi mengungkap kebenaran yang selama ini tersembunyi.
