Kota Akademi adalah pusat kemajuan sains di mana para siswa mengembangkan kemampuan esper yang luar biasa. Namun, di balik gemerlap teknologi modern, terdapat dunia rahasia yang dihuni oleh praktisi sihir yang siap bertarung demi menjaga keseimbangan kuno.
Hidup Touma Kamijou berubah total saat seorang biarawati misterius bernama Index jatuh di balkon apartemennya. Gadis ini membawa pengetahuan sihir terlarang, memicu pengejaran brutal oleh organisasi-organisasi berbahaya yang mengincar nyawanya.
Sebagai pemilik tangan kanan unik yang mampu meniadakan kekuatan supranatural, Touma terjebak di garis depan konflik antara sains dan sihir. Ia harus melindungi temannya dari ancaman musuh yang menguasai elemen alam hingga manipulasi kenyataan yang mematikan.
Di sana, ia bertemu dengan Mikoto Misaka, esper kuat yang memiliki kepribadian keras kepala namun terjebak dalam arus konspirasi besar. Hubungan mereka berkembang di tengah kekacauan, saling mengandalkan saat situasi berubah menjadi semakin kacau dan rumit.
Konflik memuncak ketika rahasia gelap Kota Akademi mulai terkuak, memaksa para pahlawan muda ini menghadapi takdir mereka yang penuh luka. Pertarungan ideologi antara logika sains dan misteri sihir kini menguji batasan kemanusiaan di dunia yang tanpa ampun.
