Dunia pasca perang kini berada di bawah kendali ketat Federasi Bumi yang menindas. Kebebasan menjadi barang langka di tengah bayang-bayang kekuatan militer A-Laws yang kejam. Di tengah kekacauan ini, sisa-sisa Celestial Being bangkit kembali untuk menantang tatanan baru.
Setsuna F. Seiei kembali turun ke medan laga demi menghentikan konflik tanpa henti. Ia kini harus berhadapan dengan rekan lamanya, Lockon Stratos yang membawa misteri baru, serta mencari keberadaan sekutu setia mereka yang kini telah tercerai-berai.
Ketegangan memuncak saat Tieria Erde berjuang memulihkan sistem organisas demi misi suci mereka. Di sisi lain, Allelujah Haptism terjebak dalam dilema moral yang mendalam, memaksa mereka semua menghadapi kenyataan pahit tentang pengkhianatan dan harapan.
Saji Crossroad secara tak terduga terseret ke pusaran konflik yang lebih luas, mengubah pandangannya tentang perang. Ia harus berhadapan dengan sosok Louise Halevy yang kini telah berubah drastis akibat trauma masa lalu dan dendam pribadi yang membara.
Pertarungan sengit antara idealisme dan kekuasaan memaksa setiap karakter mempertanyakan arti perdamaian sejati. Di tengah gempuran teknologi canggih dan mesin perang mematikan, benih perubahan mulai tumbuh untuk mengubah masa depan dunia yang penuh dengan luka.
