Kehidupan sehari-hari yang damai di kota Springdale mendadak berubah aneh setelah fenomena supranatural mulai terjadi. Sesuatu yang tak kasat mata kini mengintai di balik bayang-bayang, membuat orang berperilaku janggal tanpa alasan yang jelas bagi mata manusia biasa.
Semuanya berubah saat Nathan Adams menemukan sebuah perangkat misterius di hutan. Benda itu memberinya kemampuan melihat makhluk gaib bernama Yo-kai, yang ternyata merupakan penyebab utama dari segala kekacauan kecil dan masalah yang dialami oleh penduduk kota.
Nathan kemudian bertemu dengan Whisper, pelayan Yo-kai yang memandu dirinya dalam memahami dunia gaib. Meski terlihat konyol dan sering salah memberikan informasi, sang penasihat setia ini membantu sang anak dalam menjalin pertemanan dengan para Yo-kai yang nakal.
Persahabatan unik mereka semakin erat setelah kehadiran Jibanyan, kucing arwah yang penuh semangat namun emosional. Ketiganya bekerja sama menghadapi konflik Yo-kai yang sering kali merepotkan, berusaha menyeimbangkan kehidupan sekolah dengan misi menjaga kedamaian.
Tantangan semakin berat ketika Yo-kai yang lebih kuat dan jahat mulai muncul dan menguji ikatan persahabatan mereka. Dengan Yo-kai Watch di tangan, mereka harus berjuang keras demi mengungkap misteri di balik kekacauan ini serta memperbaiki hubungan antar makhluk.
