Sebuah kebenaran mengejutkan mengguncang keluarga Nohara di suatu malam yang tenang. Seorang wanita tiba-tiba muncul dan mengaku sebagai ibu kandung dari Shin-chan, memicu kekacauan besar saat ia dibawa paksa ke desa tersembunyi para ninja yang sangat misterius.
Di sana, Chiyo Hesogakure mengungkapkan masa lalu yang selama ini tersimpan rapat. Sang bocah nakal kini harus menjalani pelatihan ninja yang sangat berat demi menjaga rahasia besar tentang pusar bumi yang terancam bahaya oleh kekuatan gelap yang terus bangkit.
Hiroshi dan Misae tentu tidak tinggal diam melihat anak kesayangan mereka berada dalam situasi berbahaya. Mereka segera bertindak dengan segala cara demi menyelamatkan sang putra, meskipun harus berhadapan dengan tradisi kuno yang kaku dan sangat mematikan.
Hubungan antara Chinpuu dan sang bocah pun mulai terjalin dengan unik di tengah ketegangan desa. Mereka harus bekerja sama menghadapi konspirasi licik yang mengancam kedamaian dunia, sembari mencari jati diri Shin-chan yang sebenarnya di antara takdir ninja.
Puncak konflik kian memanas ketika kekuatan jahat mulai menunjukkan taringnya untuk menguasai segalanya. Apakah Shin-chan mampu menguasai teknik ninja legendaris tepat waktu untuk melindungi keluarganya, atau rahasia masa lalunya justru menjadi kehancuran bagi dunia?
