Suzume Iwato tuh sebenarnya gadis SMA biasa yang tinggal bareng bibinya di Kyushu. Dia punya masa lalu yang cukup sedih karena kehilangan ibunya saat masih kecil, tapi dia tumbuh jadi cewek yang ceria dan punya semangat hidup yang tinggi banget. Hari-harinya yang tenang langsung berubah total pas dia nggak sengaja ketemu cowok misterius yang lagi nyari pintu tua di reruntuhan.
Pertemuan itu bikin Suzume terseret dalam petualangan gila bareng Souta, cowok yang ternyata tugasnya adalah menjaga keseimbangan dunia dengan menutup pintu-pintu rahasia. Dia pun harus berjuang mati-matian, bahkan sampai harus menempuh perjalanan jauh ke seluruh Jepang demi mencegah bencana besar yang mengancam banyak orang gara-gara kemunculan 'cacing' raksasa.
Selama perjalanannya, Suzume nggak cuma belajar soal tanggung jawab yang berat, tapi dia juga belajar buat berdamai sama trauma masa lalunya sendiri. Meski awalnya takut dan ragu, dia nunjukin keberanian luar biasa buat melindungi orang-orang yang dia sayang, sampai akhirnya dia bisa nemuin jawaban atas luka di hatinya selama ini.