Semester kedua dimulai dengan ketegangan yang meningkat di SMP Kunugigaoka. Para murid Kelas 3-E kini harus menghadapi tantangan akademis sekaligus tekanan misi pembunuhan yang kian berat. Waktu terus berjalan, sementara ancaman penghancuran bumi oleh Koro-sensei kian nyata.
Sebagai guru sekaligus target, sang makhluk tentakel itu terus membimbing Nagisa Shiota dan kawan-kawan dengan cara unik. Hubungan mereka bukan sekadar pembunuh dan target, melainkan ikatan murid dengan mentor yang tulus mengajarkan nilai kehidupan di tengah tekanan.
Karma Akabane yang cerdas dan penuh ambisi terus memicu persaingan sengit, sementara Kayano Kaede mulai menyimpan rahasia kelam di balik senyum cerianya. Mereka berusaha menyeimbangkan ambisi membunuh dengan perjuangan meraih masa depan di sekolah yang kejam.
Konflik internal pun pecah saat sosok dari masa lalu mulai muncul, menguji kesetiaan dan mentalitas para murid. Ketegangan psikologis ini memaksa mereka menentukan pilihan sulit: apakah harus menuntaskan tugas negara atau mengikuti kata hati yang telah terikat kuat.
Puncak ujian datang saat batas waktu kian sempit, memicu konfrontasi besar yang mengubah cara pandang mereka tentang keadilan. Di kelas ini, pelajaran paling berharga bukanlah tentang teori buku, melainkan tentang bagaimana cara berdiri tegak menghadapi takdir.
Dunia terancam hancur saat sesosok makhluk gurita berkekuatan super menghancurkan sebagian bulan. Kini, ia menuntut untuk mengajar di kelas buangan SMP Kunugigaoka. Pemerintah terpaksa setuju, memberikan kesempatan pada murid-muridnya untuk membunuh sang guru demi keselamatan bumi.
Di kelas 3-E, para siswa yang dianggap gagal justru menemukan sosok pendidik luar biasa dalam diri Koro-sensei. Ia adalah target pembunuhan yang sangat cepat, namun di saat bersamaan, ia justru menjadi guru paling suportif yang pernah mereka miliki di sekolah.
Salah satu murid berbakat, Nagisa Shiota, terus mengamati kelemahan gurunya dengan cermat. Meski tampak pendiam dan lembut, ia memiliki insting pembunuh alami yang membuat sang guru waspada. Hubungan keduanya berkembang menjadi ikatan yang sangat unik serta emosional.
Konflik batin terus menghantui kelas tersebut karena mereka harus memilih antara membunuh sosok pembimbing yang peduli atau membiarkan dunia hancur. Karma Akabane pun ikut tertantang, menggunakan kecerdasannya untuk menyusun rencana serangan yang jauh lebih taktis.
Ketegangan antara misi mematikan dan pelajaran sekolah menciptakan dinamika yang tak terduga. Mereka harus mengasah kemampuan untuk melenyapkan target, sambil belajar tentang jati diri dan masa depan. Apakah mereka mampu menamatkan nyawa gurunya sebelum waktu habis?
