Kenalin nih, Mitsuha Miyamizu, cewek SMA yang tinggal di desa terpencil bernama Itomori. Dia ini sebenarnya anak yang cukup aktif, tapi ngerasa bosen banget sama kehidupan desa yang gitu-gitu aja. Dia punya keinginan kuat banget pengen jadi cowok ganteng di Tokyo pas udah gede nanti, nggak nyangka banget kalau impiannya itu malah jadi kenyataan lewat kejadian aneh bin ajaib.
Singkat cerita, tiba-tiba dia sering banget bertukar tubuh sama cowok bernama Taki Tachibana yang tinggal di Tokyo. Awalnya mereka bingung setengah mati, tapi akhirnya malah jadi akrab gara-gara sering ninggalin pesan di HP masing-masing. Lewat pengalaman unik ini, Mitsuha mulai belajar banyak hal tentang hidup, pertemanan, dan tentu saja, tentang perasaan yang mulai tumbuh di antara mereka berdua.
Nggak cuma soal drama remaja biasa, hidup Mitsuha jadi makin menegangkan pas dia sadar kalau desanya terancam bencana komet yang mengerikan. Dia pun berjuang sekuat tenaga pakai segala cara supaya bisa menyelamatkan orang-orang yang disayanginya. Pokoknya, sosok Mitsuha ini beneran ngebuktiin kalau cewek desa yang kelihatan biasa aja bisa jadi pahlawan buat orang banyak.
