Dunia terjebak dalam krisis energi yang parah, memicu konflik berkepanjangan antar negara adidaya. Di tengah kekacauan ini, sebuah organisasi paramiliter misterius muncul dengan senjata teknologi canggih bernama Gundam untuk menghentikan peperangan secara paksa.
Pilot muda Setsuna F. Seiei menjadi ujung tombak organisasi Celestial Being. Dibesarkan di medan perang yang pahit, ia membawa trauma mendalam serta obsesi teguh untuk menghapus segala bentuk kekerasan dunia melalui kekuatan mesin tempur yang luar biasa.
Perjalanan Setsuna bersinggungan dengan Lockon Stratos, seorang senior yang penuh kasih namun menyimpan dendam pribadi. Hubungan mereka menjadi dinamika kunci saat tim ini mencoba menyeimbangkan misi perdamaian global dengan ego pribadi yang sering kali bertabrakan.
Sementara itu, Tieria Erde yang dingin dan kaku terus menguji integritas rekan-rekannya demi menjalankan rencana besar. Di sisi lain, Allelujah Haptism berjuang keras melawan sisi gelap kepribadiannya yang muncul akibat eksperimen masa lalu yang sangat mengerikan.
Ketegangan memuncak ketika musuh mulai memahami taktik mereka dan intrik politik dunia semakin memanas. Inilah kisah perjuangan tentang moralitas, pencarian jati diri, dan pengorbanan di tengah badai perang yang menuntut jawaban apakah perdamaian layak dibayar dengan darah.